Genes asociados a la síntesis y resistencia de compuestos antimicrobianos en islas de recursos de un ambiente semiárido del Caribe Colombiano.
The phylum Actinobacteria is of great importance for its capacity for biosynthesis and resistance of antimicrobial compounds and dominance in soil microbiomes. It is considered that unexplored and extreme environments such as resource islands in arid and semi-arid zones of the tropics can be a sourc...
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| Main Author: | |
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| Other Authors: | |
| Format: | Tesis y disertaciones (Maestría y/o Doctorado) |
| Language: | spa |
| Published: |
Universidad Antonio Nariño
2022
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| Subjects: | |
| Online Access: | http://repositorio.uan.edu.co/handle/123456789/6384 |
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|---|---|
| author | Camargo Montoya, Martha Liliana |
| author2 | Vanegas Guerrero, Javier |
| author_facet | Vanegas Guerrero, Javier Camargo Montoya, Martha Liliana |
| author_sort | Camargo Montoya, Martha Liliana |
| collection | DSpace |
| description | The phylum Actinobacteria is of great importance for its capacity for biosynthesis and resistance of antimicrobial compounds and dominance in soil microbiomes. It is considered that unexplored and extreme environments such as resource islands in arid and semi-arid zones of the tropics can be a source of a great diversity of Actinobacteria and therefore of potential compounds of biotechnological interest. The objective of this study was to determine the effect of seasonality and the presence of vegetation on the abundance of actinobacteria and genes associated with the synthesis and resistance of antimicrobial compounds associated with three resource islands in a semiarid region of the Colombian Caribbean. For this purpose, three nurse trees Prosopis juliflora, Haematoxylum brasiletto and Pithecellobium dulce were sampled under canopy (V), bare soil (C) both in wet (W) and dry season (D). Total DNA was extracted and sequenced. From the sequences, 16 orders, 28 families and 52 genera of actinobacteria with higher abundances in CD were detected. In addition, 16 antimicrobial compound biosynthesis pathways were detected, of which the synthesis pathways of monobactam antibiotics, prodigiosin and streptomycin were the most abundant. These pathways showed higher abundances in DV. Ten antibiotic resistance pathways were detected including the highest abundances for rifamycin in CD and streptogramins (MLS) in VW. It was observed that the diversity and abundance of actinobacterial biosynthesis and resistance genes were influenced by seasonality and the presence of vegetation in the resource islands. |
| format | Tesis y disertaciones (Maestría y/o Doctorado) |
| id | repositorio.uan.edu.co-123456789-6384 |
| institution | Repositorio Digital UAN |
| language | spa |
| publishDate | 2022 |
| publisher | Universidad Antonio Nariño |
| record_format | dspace |
| spelling | repositorio.uan.edu.co-123456789-63842024-10-09T23:03:54Z Genes asociados a la síntesis y resistencia de compuestos antimicrobianos en islas de recursos de un ambiente semiárido del Caribe Colombiano. Camargo Montoya, Martha Liliana Vanegas Guerrero, Javier Arenas Suárez, Nelson Enrique Metagenómica Islas de recursos Genes de resistencia a antibióticos Biosíntesis de compuestos antimicrobianos Desertificación 540 Metagenomics Resource islands Antibiotic resistance genes Antimicrobial compound biosynthesis Desertification The phylum Actinobacteria is of great importance for its capacity for biosynthesis and resistance of antimicrobial compounds and dominance in soil microbiomes. It is considered that unexplored and extreme environments such as resource islands in arid and semi-arid zones of the tropics can be a source of a great diversity of Actinobacteria and therefore of potential compounds of biotechnological interest. The objective of this study was to determine the effect of seasonality and the presence of vegetation on the abundance of actinobacteria and genes associated with the synthesis and resistance of antimicrobial compounds associated with three resource islands in a semiarid region of the Colombian Caribbean. For this purpose, three nurse trees Prosopis juliflora, Haematoxylum brasiletto and Pithecellobium dulce were sampled under canopy (V), bare soil (C) both in wet (W) and dry season (D). Total DNA was extracted and sequenced. From the sequences, 16 orders, 28 families and 52 genera of actinobacteria with higher abundances in CD were detected. In addition, 16 antimicrobial compound biosynthesis pathways were detected, of which the synthesis pathways of monobactam antibiotics, prodigiosin and streptomycin were the most abundant. These pathways showed higher abundances in DV. Ten antibiotic resistance pathways were detected including the highest abundances for rifamycin in CD and streptogramins (MLS) in VW. It was observed that the diversity and abundance of actinobacterial biosynthesis and resistance genes were influenced by seasonality and the presence of vegetation in the resource islands. El filo Actinobacteria es de gran importancia por su capacidad de biosíntesis y resistencia de compuestos antimicrobianos y dominancia en microbiomas de suelos. Se considera que ambientes inexplorados y extremos como las islas de recursos de zonas áridas y semiáridas del trópico pueden ser fuente de una gran diversidad de Actinobacterias y, por tanto, de potenciales compuestos de interés biotecnológico. El objetivo del trabajo fue determinar el efecto de la estacionalidad y la presencia de vegetación sobre la abundancia de Actinobacterias y genes asociados a la síntesis y resistencia de compuestos antimicrobianos asociados a tres islas de recursos de una región semiárida del Caribe Colombiano. Para esto se muestrearon tres árboles nodriza Prosopis juliflora, Haematoxylum brasiletto y Pithecellobium dulce, bajo el dosel (V) y suelo desnudo (C) tanto en temporada húmeda (W) y como en temporada seca (D). Se extrajo el DNA total y se secuenció. A partir de las secuencias se detectaron 16 órdenes, 28 familias y 52 géneros de Actinobacterias con mayores abundancias en CD. Adicionalmente se detectaron 16 vías de biosíntesis de compuestos antimicrobianos, de las cuales, las vías de síntesis de antibióticos monobactámicos, prodigiosina y estreptomicina fueron las de mayor abundancia. Estas vías presentaron mayores abundancias en VD. Se detectaron 10 vías de resistencia a antibióticos que incluyen las mayores abundancias para rifamicina en CD y estreptograminas (MLS) e VW. Se observó que la diversidad y abundancia de Actinobacterias y genes de biosíntesis y resistencia estuvieron influenciados por la estacionalidad y la presencia de vegetación en las islas de recursos. Magíster en Bioquímica Maestría Presencial Monografía 2022-04-30T16:22:55Z 2022-04-30T16:22:55Z 2021-11-26 Tesis y disertaciones (Maestría y/o Doctorado) info:eu-repo/semantics/acceptedVersion http://purl.org/coar/resource_type/c_bdcc http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Maestría http://repositorio.uan.edu.co/handle/123456789/6384 Abdelshafy Mohamad, O. A., Li, L., Ma, J.-B., Hatab, S., Rasulov, B. A., Musa, Z., Liu, Y.-H., & Li, W.-J. (2018). Halophilic actinobacteria biological activity and potential applications. In D. Egamberdieva, N.-K. Birkeland, H. Panosyan, & W.-J. 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